Polichromia wnętrza – figuralna i ornamentalna w tradycji późnobarokowej, którą w 1873 roku namalował Puszczyński. Odnowiona w 1951 przez Puchałę. W nawach bocznych polichromia częściowo rekonstruowana w latach 1952-53 przez Ludwika Czajkowskiego i Alfreda Żmudę.

Na lewej ścianie prezbiterium umieszczony jest monumentalny obraz przedstawiający wizytę Jana Sobieskiego w Zgórsku w 1665 roku na tle drewnianego kościoła. Namalowany został w 2001r. przez H. i A. Kazberuk.

Z lewej stony na ścianie wmurowana została również tablica z 1883 roku, na pamiątkę 200-tnej rocznicy zwycięstwa Jana III Sobieskiego pod Wiedniem. Od tego momentu, w 2-gą niedzielę września, obchodzony jest w parafii odpust na wspomnienie Imienia Maryi. Na tablicy można przeczytać: „Na prośby Ojca Świętego i pokorne błagania rzymskiego cesarza Niemiec JAN III SOBIESKI z rycerstwem polskiem * pod oblężony dwa miesiące od Turków a od swoich Wiedeń przybywa * i po trzech dniach jako WÓDZ NACZELNY wojsk sprzymierzonych dnia 12 września 1683 * potęgę turecką niszczy * KRÓL POLSKI RATUJE NIEMCY I CHRZEŚCIJAŃSTWO. * Tablicę tę umieszczono w dwóchsetną rocznicę * 1883 *” Dookoła ramy umieszczony jest napis: „Był człowiek * posłany od Boga którego imię * było Jan * Veni, Vidi, Deus Vicit”.

Po lewej stronie prezbiterium od strony zakrystii znajdują się barokowe odrzwia z 1781 roku, drewniane profilowane i polichromowane, na których w kartuszu umieszczony jest herb fundatorów i patronów kościoła rodziny Ossolińskich: „Krzyż – Topór”.

Z lewej strony prezbiterium zamyka, pochodząca z II poł. XVIII w., barokowa drewniana ambona z balustradą. Na zaplecku ambony widnieje złocone Oko Opatrzności Bożej. Trybuna i baldachim utrzymane są w białej tonacji, ozdobione złoconą barokową ornamentyką. Na podniebieniu baldachimu umieszczona jest srebrna gołębica, symbol Ducha Świętego, a całość wieńczy figura Jezusa – Dobrego Pasterza.

W centrum prezbiterium znajduje się marmurowy ołtarz „twarzą do ludu” a obok niego ambonka wg projektu A. Drwala, które wykonał T. Bieda.

Po prawej stronie prezbiterium znajdują się dwukondygnacyjne stalle, wykonane w 2009 roku z czarnego dębu i stylizowane na barok. W centralnej części znajduje się miejsce dla przewodniczącego liturgii. Po obydwu stronach są miejsca dla koncelebransów. Zaplecek bogato zdobiony złoconymi barokowymi płaskorzeźbami z motywami roślinnymi i kwiatonami. W centrum znajduje się kartusz z krzyżem w otoczeniu główek aniołków. Drugą kondygnację stanowi figura Dzieciątka Jezus, przychodzącego do ludzi jako Żywe Słowo, flankowana dwoma ozdobnymi kwiatonami. Nad figurą baldachim, gdzie w podniebieniu srebrna gołębica – symbol Ducha Świętego, a całość wieńczy drewniany krzyż. Autorem stall jest pracownia A. Kazberuka.

Z prawej strony prezbiterium zamyka, pochodząca z XVIII w., chrzcielnica z czarnego marmuru, ustawiona na kolistej podstawie w formie smukłego kielicha, nakrytego drewnianą złoconą pokrywą w kształcie korony, ze zwieńczeniem w formie krzyża.

W 2011 roku nad chrzcielnicą została na nowo umieszczona odnowiona barokowa drewniana i bogato złocona figura głównego patrona parafii – św. Mikołaja Biskupa, w stroju pontyfikalnym z pastorałem. Figura pochodzi z II poł. XVIII w. Wcześniej umieszczona była w kruchcie południowej. Nad rzeźbą umieszczono baldachim, gdzie w podniebieniu znajduje się Duch Święty, a w zwieńczeniu – figura św. Jana Chrzciciela. Wraz z powrotem odnowionej figury św. Mikołaja odświeżone również zostało nabożeństwo do tego Świętego, którego kult, jak podają historyczne źródła, od niepamiętnych lat istniał się w tutejszym kościele. 6 grudnia lub w niedzielę po tym dniu obchodzony jest odpust ku czci tego Świętego, a w każdy czwartek odmawiane są: litania i modlitwy do św. Mikołaja.

W prawej nawie nad wejściem do południowej kruchty znajduje się odnowiony w 1999 roku drewniany barokowy krucyfiks, polichromowany i złocony, z I poł. XVIII w. o wysokości 1,5 m. Pod nim są zabytkowe stacje Drogi Krzyżowej z XVIII w.

W bocznych nawach znajdują się dwa konfesjonały z czarnego dębu, wykonane w 2008 roku przez A. Kazberuka, stylizowane na barok. Bogato zdobione płaskorzeźbami z motywami roślinnymi oraz kwiatonami, zwieńczone krzyżem w otoczeniu dwóch aniołków.

Chór muzyczny został zbudowany w 1781 roku, jest profilowany barokowo do wnętrza kościoła, podtrzymywany czterema filarami – drewnianymi słupami. Na balkonie polichromia przedstawiająca ornamenty roślinne, instrumenty muzyczne oraz ozdobne kartusze i rozety. Prospekt organowy – w stylu rokoko z II poł. XVIII w. Instrument 12 głosowy z prospektem z drewna, skrzynia organowa polichromowana, ozdobiona ornamentami złoconymi, i zwieńczona kwiatonami. Organy przebudowane oraz powiększone w latach 2004 – 2006 przez Firmę ANDRZEJ RAGAN i poświęcone w roku 2006.

W południowej kruchcie znajduje się obraz olejny malowany na płótnie: Ukrzyżowanie Jezusa, a obok krzyża stoją Maryja i św. Maria Magdalena. Obok – w 1911 roku umieszczono kamienną tablicę, upamiętniająca wieloletniego proboszcza ks. Sebastiana Zapałę (1811-1893).

W kruchcie tej umieszczono również okrągłą mosiężną płaskorzeźbę, którą Diecezja Tarnowska przygotowała w 2000 roku na Wielki Jubileusz Chrześcijaństwa. Pod nią miedziana kropielnica z 1901 roku.

tekst opracował ks. Sylwester Dziedzic