Parafię w Zgórsku uposażył w 1582 Mikołaj Mielecki herbu Gryf. Została ona erygowana 9 maja 1583 roku przez oficjała krakowskiego Stanisława Manieckiego. Pierwszym proboszczem był Łukasz z Rogoźna. Pierwszy kościół pod wezwaniem Św. Mikołaja Biskupa został ufundowany przez Hetmana Wielkiego Koronnego Mikołaja Mieleckiego w roku 1561. Jego konsekracji dokonał w 1595 bp krakowski kard. Jerzy Radziwiłł. Rektorem kościoła był wtedy ks. Adam Gulczewius z Mielżyna /diec.gnieźnieńska/. Pierwszy kościół był drewniany, bogato uposażony. Według wizytacji z 1721 roku w kościele było pięć ołtarzy. Na ołtarzu większym znajdowała się figura św. Mikołaja – biskupa, rzeźbiona w drewnie, malowana. Pozostałe ołtarze to: św. Anny, św. Małgorzaty, św. Krzyża i św. Antoniego. W kościele były dwa złocone konfesjonały na murowanej podstawie. Podłoga była cześciowo z desek, cześciowo z kamieni. Na chórze znajdowały się organy z ośmioma głosami. W chórze znajdowała się murowana kaplica, w której był obraz i ołtarz Matki Bożej Rózańcowej. Dach kościoła wykonany był z drewnianych gontów, a na nim wieżyczka z sygnaturką.

Obecny kościół został zbudowany z drzewa modrzewiowego w 1781 roku z fundacji Michała Ossolińskiego. Jest to kościół późnobarokowy, drewniany, konstrukcji zrębowej, szalowany, kryty blachą, trzynawowy z węższym prezbiterium zamkniętym trójbocznie, przy którym od północy (od końca XIX w.) znajduje się przybudówka zakrystyjna. Przy korpusie nawowym od południa i zachodu znajdują się dwie niewielkie kruchty. Od strony półncnej niekomunikująca się z wnętrzem przeszklona przybudówka z ołtarzem. Wnętrze korpusu nawowego podzielone jest słupami o charakterze kolumn z rzeźbionymi barokowymi kapitelami. Dachy siodłowe. Nad nawą znajduje się barokowa wieżyczka na sygnaturkę z latarnią.

Pod koniec II wojny światowej tutejszy kościół został przez wojska sowieckie zamieniony (przez pół roku) na wojskową kuźnię, ale mimo, że drewniany – nie spłonął.

Trud odbudowy po wojnie podjął proboszcz ks. Kazimierz Dziurzycki a następnie od roku 1947 do 1980 ks. Bronisław Pałys. Kolejne lata to czas stopniowych remontów.  Cały kościół, jego wnętrze w latach 90-tych ubiegłego wieku zostało odnowione. Odnowiono polichromię ścian, wszystkie ołtarze oraz położono nową marmurową posadzkę. Pomalowano również elewację kościoła i odnowiono ogrodzenie. Większość prac konserwatorskich w tutejszym kościele wykonywała pracownia Andrzeja Kazberuka. Nad pracami czuwał ówczesny proboszcz – ksiądz Stanisław Niemiec.